Полипептид құру

[pic 1]

            [pic 2]

№9 Практикалық жұмыс

                   Полипептид құру

                                                                          6B01510-химия

2-курс 1-2-топша

Орындаған:Усенова З.С

Тексерген:Манапов Н.Т

№9 Практикалық жұмыс

Полипептид құру

Бұл жұмыста қалыптасатын дағдылар:

• қалдықтарды біріктіріп жалғау;
• цвиттерион құру;
• белгілі бір орынға мутагенез жасау.

HYPERCHEM бағдарламасының кітапханасындағы аминқышқылдарының қалдықтарын кезекпен таңдай отырып, полипептидті құру. Құратын құрылымымыз - брадикинин, қозу реакциясын төмендететін гормон тірізді пептид.

Аминқышқылдары-диалог ұяшығын қолдану.

HYPERCHEM бағдарламасын қосыңыз.

Amino Acids диалог ұяшығын ашыңыз:

1. Databases мәзірінен Amino Acids таңдаңыз. Amino Acids диалог ұяшығы шығады:

[pic 3]

Amino Acids диалог ұяшығы –тұрақты диалог ұяшығы. Полипептидтерді құру барысында экран бетінде қала береді.

Полипептидтерді құру және көрсету

Полипептидті құрудың бірінші қадамы екіншілік конформацияны анықтау. Бұл жаттығуда бета құрылымды құрамыз.

Конформацияны орнату:

1. Beta Sheet конформациясын таңда.

Бұл таңдау автоматты түрде Фи (φ) и Пси (ψ) бұрыштарын 180 градусқа келтіреді.

1. Транс- пептидтік байланыс үшін, омега (ω) бұрышын да 180 градусқа келтір. Полипептидті құру,        N-терминалынның аяғынан бастап, қалдықтарды тізбекке жалғастыра отырып, C-терминалының аяғына жеткізесіз.

Полипептидтер үшін қалдықтарды таңдау:

1. Кезекпен мыналарға L-шертпе жасаңыз: Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Про-ны таңдағаныңызда, HYPERCHEM "дауыс сигналдарын" береді. Бұл қажетті конформацияны қолдана алмайтындықты білдіреді. Пирролидин-альфа-

карбон қышқылы (пролин) кейбір Фи және пси бұрыштарды қабылдай алады. Диалог ұяшығын жабу: [pic 4]

1. Close L-шертпе жасаңыз. Amino Acids диалог ұяшығы жабылады. Полипептид жұмыс кеңістігіне шығады.        Құрылым автоматты түрде Labels таңдауының белгілерімен шығады.

Молекуланың белгілерін өшіру:

1. Display мәзірінен Labels таңдаңыз. Atoms және Residues үшін None белгілеп, OK-ді басыңыз.

[pic 5]

Цвиттерионды құру

Құралған пептид молекуласының екі жағында зарядталмаған қалдық қалады. N-терминалдың аяғы HN-топқа, ал, C-терминалдың аяғы СО-топқа ие. Бұл жаттығуда N- және C- терминалды қалдықтарын өзгерте отырып, цвиттерионды формада пептид аяқтарын қайтадан құрамыз.

Цвиттерион құру:

1. Молекуланы айналдырып, орнын ауыстырып мына келбетке келтіреміз:

[pic 6]

1. Databases мәзірінен Make Zwitterion бөлімін таңдаңыз.

HYPERCHEM бағдарламасы C-терминалының аяғына оттекті қосып алады:

[pic 7]

HYPERCHEM сонымен бірге N-терминалдың аяғына протонды қосып алды.

Анықталған орны бар мутагенез

Мутагенез биотехнологияда үлкен рөль атқарады.

Белгілі бір орындардағы амин қышқылдарын басқа амин қышқылдарына алмастыру, белоктың қасиеті мен құрылымын, сонымен қатар атқаратын қызметін де өзгертеді.