ArgusLab бағдарламасы

ArgusLab бағдарламасы. Бұл бағдарлама молекулалардың кез келген түрін құрастыру және белгілі бір дәрілерді, аминқышқылдар мен химиялық қосылыстарды әзірлеу мен зерделеуді жеңілдету үшін арнайы әзірленген 3D-суреттер редакторы болып табылады.

Бағдарламада пайдаланушы талдау және олардың құрылымын өзгерту үшін пайдалана алатын неғұрлым танымал химиялық және фармацевтикалық заттардың үлкен кітапханасы бар. Интерфейс басқа 3D-модельдеу бағдарламаларымен жұмысты еске салады, бірақ химиялық молекулаларды енгізудің қосымша функциялары бар.

ArgusLab бағдарламасының инструкциясы:vdocuments.site_argus-lab-intro.pdf

[pic 1]

Change atom-атомды өзгерту

Set Render mode-көрсету режимін орнату

Atom info Atom color

Set coordinates-атом координатасын көру

Set formal charge-формальды заряд

Set atom name-атом атын көру

Tools-Molecule tree view (молекула құрамын көру)

Label-all atoms ( атомдар санын көрсету)

Atom label setting

 Atom Name -атом аты

Atom Number and Symbol -атом саны және символы

Hybridization-гибридтенуі

 Formal Charge-сыртқа заряд

 Partial Charge-ішінара заряд

 Coordinates -координата

Surfaces

 QUICKPLOT Homo функциясы молекуланың жоғары жұмыс орбиталын (Highest Occupied Molecular Orbital, homo) жылдам сызу үшін қолданылады.

QuickPlot LUMO-ең төмен энергиялы, толтырылмаған молекулалық орбиталь болып табылатын lowest Unoccupied Molecular Orbital (LUMO) жылдам графикалық функциясы.

Quickplot ESP Mapped Density молекуланың бетінде пайда болатын электростатикалық потенциалды (Electrostatic Potential, ESP) жылдам графикке салу үшін қолданылады.

"solvent accessible surface" термині еріткішке (solvent) қол жетімді молекуланың бетін білдіреді. Бұл бет еріткіштің өлшемін және оның кесу радиусын, сондай-ақ молекуланың пішіні мен өлшемдерін ескере отырып анықталады.

Calculation-energy

Muliken Charges-молекуладағы атомдар үшін Милликен зарядтарын (Mulliken Charges) есептеу. Бұл зарядтар молекуладағы атомдар арасындағы электронды тығыздықтың таралуын білдіреді және молекуланың химиялық белсенділігі мен реактивтілігін түсінуге көмектеседі.

ZDO зарядтары (Ziegler, Rauk, Ditchfield, Orbital) - кванттық химия әдістерін қолдана отырып, молекуладағы атомдар үшін есептеуге болатын зарядтардың ерекше түрлері. Олар молекуладағы әрбір атомның электронды орбитальдарының үлесіне негізделген атомдар арасындағы зарядтың таралуын білдіреді. Бұл әдіс зарядтарды есептеу үшін негіз ретінде орбитальдарды пайдаланады және молекулалардың химиялық қасиеттерін және олардың басқа жүйелермен өзара әрекеттесуін талдау үшін пайдалы болуы мүмкін.

Wiberg Bond Order (Вибергтің байланыс реті) молекуладағы атомдар арасындағы химиялық байланыс күшінің дәрежесін сандық бағалау болып табылады. Бұл параметр кванттық химия әдістерінен есептеледі және оны молекуланың құрылымы мен қасиеттерін талдау және оның реакциялық белсенділігін болжау үшін пайдалануға болады.

Вибергтің байланыс реті санмен өрнектеледі және әдетте 0 - ден 1-ге дейінгі диапазонда болады, мұнда 0 байланыстың жоқтығын, ал 1-толық σ байланысын білдіреді. 0 мен 1 арасындағы мәндер қос байланыстың әртүрлі дәрежелерін (бірнеше байланыстар үшін) немесе резонанстық құрылымдардың болуын (хош иісті жүйелер үшін) көрсетеді.

СhemSketch пен Arguslab айырмашылығы

[pic 2][pic 3]

IQMol-бағдарламасы-молекулаларды визуализациялау және редакциялауға арналған тегін бағдарламалық қамтамасыз ету. Ол молекулалардың құрылымын визуализациялау және молекулалардың қасиеттерін зерттеу үшін көптеген құралдарды ұсынады. Молекулаларды қарау үшін PDB, MOL, CUBE және т.б. сияқты молекула файлын ашуға болады. Молекулалар редакторы болғандықтан, молекулаларды жасауға немесе өңдеуге болады. Молекулаларды құрастырғаннан немесе өңдегеннен кейін оларды файлға сақтай аласыз. Молекулаларды сақтауға арналған файл пішімдеріне XYZ, PDB, CML, MOL, GZMAT және т.б. кіреді. Ол сондай-ақ Q-Chem есептеулеріне мүмкіндік береді.