Интернет арқылы геномдарды зерттеу

Әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университеті

Лабораториялық жұмыстаға арналған методикалық нусқау

5В070100-Биотехнология

Биотехнологиядағы биоинформатика

2020-2021 оқу жылының көктемдік семестрі

1 апта: Лабораториялық жұмыс

Интернет арқылы геномдарды зерттеу (Гендерді іздеу және талдау).

1. Деректер қорынан гендерді табу

Жұмыстың барысы: NCBI немесе KEGG сайтқа өтіңіз, іздеу жолына геннің атауын енгізіңіз, «Gene» таңдаңыз, ұсынылған нәтижелер тізімінен қажетті организмді таңдаңыз. Әрі қарай, Fasta және Genbank форматын жүктеңіз. Гендерге сипаттама беріңіз.

1. Гендердің деректер қорын құрастыру

Жұмыстың барысы: NCBI дерекқорында PUBMED жарияланған ресурстарды таңдаңыз. Іздеу жолына кілті сөздерді енгізіңіз, ұсынылған мақалалар тізімінен кандидатты гендерді таңдаңыз және оларға сипаттама беріңіз.

Қолданатын ресурстар

NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

KEGG (http://www.genome.jp/dbgetbin/show_pathway?hsa04010+5894)

Entrez Gene ()

2-3 апта: Лабораториялық жұмыс

NCBI базасында жұмыс істеу.

BLAST бағдарламаны қолдануы.

1. BLAST бағдарлама арқылы гендер мен белоктардың гомологиялық тізбектерді іздеу
2. SCORE талдауын жасау
3. Табылған тізбектердің қызметтерін анықтау

BLAST - бұл еңгізілген тізбегіне ұқсас ақуыздар тізбегін табуға мүмкіндік беретін NCBI серверінде орналасқан бағдарлама. Осы бағдарламаны қолдана отырып, биологтар көбінесе гомологиялық тізбекті тапқысы келеді. BLAST сонымен қатар бір-біріне қатысты екі немесе одан да көп тізбектелген трасса құруға, жергілікті ұқсастық картасын, филогенетикалық ағашын құруға қабілетті. BLAST - бұл ең танымал биоинформатика бағдарламасы, өйткені оны қолдану оңай және маңызды тапсырмаларды орындайды.

Енгізу тізбегі сұрау деп аталады, ал мәліметтер базасынан алынған тақырып тақырып деп аталады. Әрбір табылған кезде сипаттама көрсетіледі - аты, кіру - дерекқордағы код.

Әрбір табудың өзінің биологиялық маңыздылығын бағалауға мүмкіндік беретін өз параметрлері бар:

Қолданатын ресурстар

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

4 апта: Лабораториялық жұмыс

Генді деректер қорылардан табу, геннің құрылымдық-функционалдық қасиеттерін анықтау.

1. Гендердің нуклеотидтік құрамының статистикасын жасау (Sequence Manipulation Suite бағдарлама арқылы)

ДНҚ статистикасы сіз енгізген ретпен әрбір қалдықтың қайталану санын қайтарады. Пайыздардың жиынтығы әр қалдық үшін де, белгілі бір қалдық топтары үшін де беріледі, бұл әртүрлі реттілік үшін алынған нәтижелерді жылдам салыстыруға мүмкіндік береді. Төмендегі мәтін аймағына бір немесе бірнеше FASTA тізбегін қойыңыз. Енгізу шегі - 500 000 000 таңба.

Кодонды қолдану бір немесе бірнеше ДНҚ тізбегін қабылдайды және әр кодон түрінің саны мен жиілігін қайтарады. Бағдарлама сонымен қатар бірдей аминқышқылын (синонимді кодондар) кодтайтын кодондардың жиілігін салыстыратындықтан, сіз кезектілік белгілі бір синонимдік кодондарға артықшылық көрсететінін бағалау үшін қолдана аласыз. Мәтін аймағына бір немесе бірнеше FASTA тізбегін қойыңыз. Енгізу шегі - 500 000 000 таңба.

1. Гендерді аминқышқылдық тізбектерге бағдарлама арқылы трансляциялау

Протеин статистикасы сіз енгізген ретпен әрбір қалдықтың қайталану санын қайтарады. Пайыздардың жиынтығы әр қалдық үшін де, белгілі бір қалдық топтары үшін де беріледі, бұл әртүрлі реттілік үшін алынған нәтижелерді жылдам салыстыруға мүмкіндік береді. Төмендегі мәтін аймағына бір немесе бірнеше FASTA тізбегін қойыңыз. Енгізу шегі - 500 000 000 таңба

Sequence Manipulation Suite - қысқа ДНҚ мен ақуыздар тізбегін құруға, пішімдеуге және талдауға арналған JavaScript бағдарламаларының жиынтығы. Оны молекулалық биологтар жиі қолданады, оқыту үшін, сонымен қатар программалық және алгоритмдік тестілеу үшін.

Сіз өзіңіздің веб-сайтыңыздағы Sequence Manipulation Suite-ті оңай көрсете аласыз немесе оны оффлайн режимінде қолдана аласыз.

Sequence Manipulation Suite бағдарламасының бұл нұсқасы алдыңғы нұсқаның толық қайта жазылуын білдіреді. Жаңа нұсқа әлдеқайда жылдам және көптеген жаңа мүмкіндіктерге ие. Sequence Manipulation Suite алдыңғы нұсқасына қол жеткізуге болады.