Essays.club - Получите бесплатные рефераты, курсовые работы и научные статьи
Поиск

Белоктар

Автор:   •  Апрель 28, 2020  •  Реферат  •  3,998 Слов (16 Страниц)  •  402 Просмотры

Страница 1 из 16

Белоктар

 (көрсетілмеген болса кез келген организм қолдансаңыз болады).

Әрқайсысы үшін қолданған дерек базасы (NCBI, Uniprot, PDB, т.б.) бойынша номерін (accession number) көрсетіңіз .

  1. ACE2 [Homo sapiens] Q9BYF1
  2. Beta catenin [mouse] Q02248
  3. Cobra venom protein [Homo sapiens] P01031
  4. BCL6 [Homo sapiens] P41182

Тапсырмалар:

  1. Барлық табылған сиквенстік/құрылымдық мотивтер үшін аминқышқылдық құрамын талдаңыз (не себепті дәл осы аминқышқылдар осы мотив құрамында тұр, мотивтің функциясын анықтауға осы аминқышқылдардың қасиеттері қалай қатысты болуы мүмкін).
  2. BCL6: мотивтері үшін logo құрастырыңыз.

Қандай құралдарды, қай дерек базаларын қолдансаңыз да болады, тек қай ақпаратты қай жерден алғанын көрсетіп отыру керек.

  1. NCBI CDD: домендер, функционалдық сайттар мен мотивтер тауып, көрсетіп, сипаттаңыз. Аймақтардың сиквенстерін көрсетуді ұмытпаңыз.

cluzinsin superfamily

1 Глуцинцин тұқымдастығы (термолизин-ұқсас пептидаза немесе TLPs) M1, M2, M3, M4, M13, M32, M36 пептидаза (MEROPS жіктеу) сияқты бірнеше мырыш тәуелді металлпептидазды қамтиды, олардың белсенді сайт бөлігі ретінде HEXXH мотиві бар. Осы отбасының пептидазалары бір мырыш каталитикалық ионы байланыстырады, ол тетраэдрикалық үш амин қышқыл лигандарымен және катализ кезінде активтендіру кезінде нуклеофил түзетін су молекуласымен үйлестіріледі. Отбасы M1 қамтиды аминопептидазу N (APN) және лейкотриен-гидролазу A4 (LTA4H). АПН негізінен олигопептидтердің N-шеткі бөлігінен бейтарап амин қышқылдарын ыдыратады және адам жасушаларының әртүрлі тіндері мен түрлерінде болады. LTA4H-бұл аминопептидазаға, сондай-ақ эпоксигидролазды белсенділікке ие бифункционалды фермент, сондықтан бұл екі белсенділік әртүрлі, бірақ жабылатын учаскелерді алады. M3_like пептидазалары m2_ace, M3 немесе neurolysin-ұқсас отбасы (M3B_PepF және M3A отбасылық) және M32_Taq пептидазалары. Ангидридаза м2 ангиотензин айналатын фермент (АПФ, ЕС 3.4.15.1) декапептиді ангидиотензин I-нің қуатты вазопрессор октапептиді ангидиотензин II-ге айналуын катализациялайды. АПФ артериялық қысымды реттейтін ренин-ангиотензин жүйесінің негізгі компоненті болып табылады, сондықтан АПФ тежегіштері артериялық гипертензияны емдеу үшін маңызды. M3A тимет-олигопептидаза (TOP; эндопептидаза 3.4.24.15), нейролизин (3.4.24.16) және митохондриялық аралық пептидаз; ал M3B олигопептидаз F қамтиды. М32 отбасы қарапайым Trypanosoma cruzi эукариотикалық ферменттерді қамтиды, Шагас ауруы қоздырғышы, және Leishmania major, лейшманиоз тудыратын паразиттер, бұл ферменттерді дәрі-дәрмек әзірлеу үшін тартымды нысаналар етеді. М4 тұқымдасына секретирленген протеазды термолизин (ЭК 3.4.24.27), псевдолиз, ауреолизин және бейтарап протеаз, сондай-ақ бациллолизин (ЭК 3.4.24.28) кіреді, олар жасушадан тыс ақуыздар мен бактериялық тамақтану үшін пептидтер, әсіресе спора түзілгенге дейін бұзады. Термолизин пептидтердің секвенирленуі үшін фрагменттерді алу үшін спецификалық емес протеаз ретінде, сондай-ақ аспартаменттің жасанды тәттілегішін өндіруде кеңінен қолданылады. М13 отбасы субстраттық ерекшелікке мүмкіндік беретін S2 қосалқы түрінің үлкен вариабельділігіне байланысты физиологиялық рөлдердің кең спектрін орындайтын непри-лизин (ЕС 3.4.24.11) және эндотелин-түрлендіргіш ферментті I (ЕСЕ-1, ЕС 3.4.24.71) қамтиды және селективті тежеу үшін негізгі терапевтік нысана болып табылады. Пептидаза М36 fungalysin отбасы фитопатогенді саңырауқұлақтар эндопептидазаларды қамтиды. Фунгалисин эластин және кератин сияқты жасушадан тыс матрикс ақуыздарын гидролиздейді. Aspergillus fumigatus Aspergillus иммунитеті әлсіреген жеңіл жануарларға басып, ақуыз құрылымдық кедергілерін бұзуы мүмкін фунгалисинді бөліп шығарады.

peptidase_M2 показать сиквенсы

query          19 STIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQM     YP     LQEI 88  

1O8A_A          2 VTDEAEASKFVEEYDRTSQVVWNEYAEANWNYNTNITTETSKILLQKNMQIANHTLKYGTQARK     FD     VNQL 71   human

NP_001161204   28 DPTEAGAVFFASEYNSTAEIVLFRSVSASWEYNTNLTTANAALQVEASLEEQNFTELWGKKAKE.[1].YG.[2].WSNF 100  chicken

5_pfamImport    1 VSDEVEAQKFLEEFDRTAQLAWYENTEASWAYNTNITEHNRQIMLDKSLQVSQHTLDFGKKARQ     FD     DTDF 70  

XP_019921591 1801 SDGDQQAKMWLNEYNNLAQTKFYEESEVEWTYATNITDENEKKLVTARLELANFEKEAARNASQ.[2].HH     YNMS 1872 Pacific oyster

XP_694336     671 ITDEMQAKQFLDEYNSTAEEVWNAYTESSWTYNTDITEAHKDNMLQKNLEMANHTKIYGLEARK     YD     TSDF 740  zebrafish

NP_001116882  631 IANEKEADTFLSDYTKSAEVVWNDYTEASWAYNTNITEANKQVMLDKNLAMSGHTLQYGLQARN     YD     YSDF 700  tropical clawed frog

XP_014345470  567 IVDEAQAKDFLAEYERTAEKVWNAYTEAAWVYESNITEHNRQIMLQKELEMSNHTLEYGTRARK     FD     YTDF 636  coelacanth

NP_001161204  629 IVDEAQAKEFLSEYNSTAEVVWNAYTEASWEYNTNITDHNKEVMLEKNLAMSKHTIEYGMRARQ     FD     PSDF 698  chicken

XP_012403926  646 LTDEAEAEKFLEEYDRLGQGIMNAYVEASWAYNTNITEENSKIMLEKNLELSSFTLQYGTRARQ     FD     VSSF 715  Tasmanian devil

query          89 Q     NLTVKLQLQ.[1].LQQNGSSVLSED     KSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCN.[4].QE.[4].EPGLNEIM 152

1O8A_A         72 Q     NTTIKRIIK.[1].VQDLERAALPAQ     ELEEYNKILLDMETTYSVATVCH.[2].GS.[4].EPDLTNVM 133  human

NP_001161204  101 S     DPQLKKIIG.[1].IQTLGPSNLPLD     KRQQYNTILSDMDKIYSTAKVCL.[2].GT.[4].EPDISDIM 162  chicken

5_pfamImport   71 K     NSSVKRTLK.[1].LQDLGRAALPQN     ELKEVTGVRRGEEEGPGRGEAAW.[2].GK     NPDLTELM 128

XP_019921591 1873 R.[1].TESGRRLFG     ISNIGTSALKNQ.[1].VLQKLNTLQSEIEGIYGKAKFCP.[3].ST.[4].EPDLYRIM 1936 Pacific oyster

XP_694336     741 Q     DESVKRILS.[1].LSDLERAALSAE     DLVEYNNLLASMETLYSVATVCK.[2].SN.[4].DPDLNKIM 802  zebrafish

NP_001116882  701 Q     DPETQRILR.[1].LSEIDKAALSEE     EQKEYNQITSDMETIYSVAKVCK.[3].TN.[4].DPDLTEIL 763  tropical clawed frog

XP_014345470  637 L     DDNKTYILE.[1].LSDIGMAALPEN     ELKEYNNILSQMETTYSVAKACQ.[2].GK.[4].DPDLTEIM 698  coelacanth

NP_001161204  699 Q     DETVTRILN.[1].LSVLERAALPED     ELKEYNTLLSDMETTYSVAKVCR.[2].NT.[4].DPDLTDIL 760  chicken

XP_012403926  716 Q     KSSVTRLLG.[1].LQDLGRAALSPT     ELDKYNKILLNMESAYSTAKVCR.[2].GS.[4].EPDLTELM 777  Tasmanian devil

query         153 ANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARA     NHYEDYGDYWRGDYEVN.[10].QLIEDVEHTFE 231

1O8A_A        134 ATSRKYEDLLWAWEGWRDKAGRAILQFYPKYVELINQAARL     NGYVDAGDSWRSMYETP      SLEQDLERLFQ 202  human

NP_001161204  163 ATSRSYKKLLYAWEGWHNAAGNPLRAKYQEFVTLSNEAYQM     DGFEDTGSYWRSWYDST      TFEDDLEHLYN 231  chicken

5_pfamImport  129 ATSQNYEELLWAWQGWREAAGKPVRQKFERYVELSNKAARL     NGHADNGVSWRAMYETP      TFEQDLERLYQ 197

XP_019921591 1937 STSRNFTELQTIWKGWRDVSGKKMKEKYAEFVELSNQGIKE.[2].LGYKDTGDYWRVAYESE      TFREDLEQLLE 2007 Pacific oyster

XP_694336     803 AESRDYDELLFAWQGWRNASGREIRDSYKRYVELANSAAKS     NGHTDNGAFWRSLYETP      TFEQDLEALWK 871  zebrafish

NP_001116882  764 AKSRDYDELLFAWKGWRDASGKQIREKYKRYVQLANKAAQL     NGYNDNGAYWRSWYETP      TLESDVEKLYD 832  tropical clawed frog

XP_014345470  699 ASSRNYSELLFAWKGWRDASGKKICSDYERYVELSNKAARL     NGYSDNGACWRSFYGSP      TFEADLEKIYE 767  coelacanth

NP_001161204  761 ATSRDYNELLFAWKGWRDASGAKIKDKYKRYVELSNKAAVL     NGYTDNGAYWRSLYETP      TFEEDLERLYL 829  chicken

XP_012403926  778 ASSQDYDNLLWAWKGWRDKAGRAILPHFSEYVELSNKAAQL     NGYADSGASWRAQYEKP      SLEQDLEKIYL 846  Tasmanian devil

query         232 EIKPLYEHLHAYVRAKLMNAY.[1].SYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRI 307

1O8A_A        203 ELQPLYLNLHAYVRRALHRHY.[2].QHINLEGPIPAHLLGNMWAQTWSNIYDLVVPFPSAPSMDTTEAMLKQGWTPRRM 279  human

NP_001161204  232 QLEPLYLNLHAFVRRKLYDRY.[2].KYINLKGPIPAHLLGNMWAQQWNNIYDLMVPYPDKPNLDVTNTMVNQGWNATHM 308  chicken

5_pfamImport  198 ELQPLYLNLHAYVRRQLHRRY.[2].KFVNCAGPSPPTCSGNMWAQTWSNIYNLVVPFPSASQVDATPAMKNKNWNPKKM 274

XP_019921591 2008 KLKPLYQELHTYVRKKLRNLY.[2].KNFPNSGHIPAHLLGNMWAQEWQNIYDLLIPFKSKTNVDITPALKSNNYTALRM 2084 Pacific oyster

XP_694336     872 DLEPLYLSVHAYVRRALYKKY.[2].ERINLKGPIPAHLLGNMWAQTWSGIMDLVNPYPDATQVDATPAMIAQGWTPKRM 948  zebrafish

NP_001116882  833 ELQPLYLNLHAYVRRALYKKY.[2].KRINLKGPIPAHLLGNMWAQSWSNIYELLVPYPNAAQVDATPAMIAKNWTPKRM 909  tropical clawed frog

XP_014345470  768 QLQPLYLNLHAYVRQALYKKY.[2].KYINLKGPIPAHLLGDMWAQSWLNIYSLLVPYPEATQVDATPAMVAQKWNAKRM 844  coelacanth

NP_001161204  830 QLQPLYLNLHAYVRRALYNKY.[2].EHISLKGPIPAHLLGNMWAQSWSNIFDLVMPFPDATKVDATPAMKQQGWTPKMM 906  chicken

XP_012403926  847 ELQPLYQNLHAYVRRALFRHY.[2].NHINLQGPIPAHLLGNMWAQTWSNIYKLMVPFPSASQVDATPAMKEQGWTVRRM 923  Tasmanian devil

query         308 FKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDP.[1].N.[1].QKAVCHPTAWDL     GKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHH 374

1O8A_A        280 FKEADDFFTSLGLLPVPPEFWNKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NGKDFRIKQCTTVNLEDLVVAHH 347  human

NP_001161204  309 FRVSEEFFTSLGLLEMPPEFWEKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NRKDFRIKQCTTVTMEQLFTVHH 376  chicken

5_pfamImport  275 FEESDSFFKSLGLLPMPEEFWEKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NGKDFRIKQCTTVNMEDLITVHH 342

XP_019921591 2085 FRTAEEFFTSLGLKEMPQTFWDKSMIVKP     E.[1].RDVVCHASAWDF.[1].NQRDFRIKMCTDVTMEDLITVHH 2151 Pacific oyster

XP_694336     949 FEESDRFFTSLGLLPMPPEFWNKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NRKDFRIKQCTVVTMDDLITVHH 1016 zebrafish

NP_001116882  910 FEESDNFFKSLGLLPMPQEFWDKSMIEKP.[1].D     REVVCHASAWDF.[1].NRKDFRIKQCTVVNMDDLITVHH 976  tropical clawed frog

XP_014345470  845 FEEADNFFTSLGLIPMPQEFWDKSMIEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NKKDFRIKQCTVINMDELITVHH 912  coelacanth

NP_001161204  907 FEESDRFFTSLGLIPMPQEFWDKSMIEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NRKDFRIKQCTVVNMDDLITVHH 974  chicken

XP_012403926  924 FEEADKFFQSLGLLPLPPEFWNKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NGKDFRIKQCTTVNMEDLIVIHH 991  Tasmanian devil

query         375 EMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLL.[1].PDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTL 450

1O8A_A        348 EMGHIQYFMQYKDLPVALREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLHSLNLL     SSEGGSDEHDINFLMKMALDKIAFI 422  human

NP_001161204  377 EMGHVQYYLQYKDQPVSFRGGANPGFHEAIGDVLSLSVSTPSHLQKIGLL     SSAVEDEESNINYLLKMALEKIAFL 451  chicken

5_pfamImport  343 EMGHVQYYLQYKEQPVVFREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPRHLHSIGLL     DNEGEGYESEINYLMSMALDKIAFL 417

XP_019921591 2152 EMGHIQYYLQYKDQPLIYRGGANPGFHEAIGDTMALSASTPQHLHKIGLL     TNIENDEETDLNYLMKMALEKIAFL 2226 Pacific oyster

XP_694336    1017 EMGHVQYFLQYKDQPISFRDGANPGFHEAIGDVLALSVATPKHLQSIGLL     DKVEDNAESTINFLMSIALDKIAFL 1091 zebrafish

NP_001116882  977 EMGHVQYFLQYKDQPILFREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLQSIGLL     DKVEDNPESDINYLMSIALDKIAFL 1051 tropical clawed frog

XP_014345470  913 EMGHIQYYLQYKDHPISFRDGANPGFHEAIGDVIALSVSTPKHLHSIGLL     DEVSENDESDINYLMSVALDKIVFL 987  coelacanth

NP_001161204  975 EMGHVQYFLQYMDQPISFRDGANPGFHEAIGDVMALSVSTPKHLHSINLL     DQVTENEESDINYLMSIALDKIAFL 1049 chicken

XP_012403926  992 EMGHVQYFMQYKDQPIAFREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLHSIGLL     DNEGEGYESEINYLMSVALDKIAFI 1066 Tasmanian devil

query         451 PFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALC 530

1O8A_A        423 PFSYLVDQWRWRVFDGSITKENYNQEWWSLRLKYQGLCPPVPRTQGDFDPGAKFHIPSSVPYIRYFVSFIIQFQFHEALC 502  human

NP_001161204  452 PFGYLIDQWRWNVFSGRTPPSRYNYDWWYLRTKYQGICAPVSRNESNFDPGAKYHIPGNTPYIRYFVSFILQFQFHKALC 531  chicken

5_pfamImport  418 PFGYLMDQWRWKVFDGRITKENYNQEWWNLRLKYQGLCPPVIRSQTDFDPGAKFHIPANVPYIRYFVSFVIQFQFHEALC 497

XP_019921591 2227 PFGYLIDQWRWSVFSGETSPDNYNEKWWALRCKYQGISPAVTRTEEDFDPGAKYHIPSNTPYIRYFVSFVIQFQFHKALC 2306 Pacific oyster

XP_694336    1092 PFGYLMDQWRWKVFDGRISSSEYNKEWWNLRMKYQGLCPPVPRTEKDFDPGAKFHIPANVPYIRYFVSFVIQFQFHKGLC 1171 zebrafish

NP_001116882 1052 PFGFLMDQWRWKVFDGRTPDSEYNQQWWNLRLKYQGLVPPVLRTENDFDPGAKFHIPASVPYIRYFISFVIQFQFHEALC 1131 tropical clawed frog

XP_014345470  988 PFGYLMDQWRWKVFNGWISKEDYNREWWNLRLKYQGLCPPVPRTEDDFDPGAKYHIAANVPYVRYFVSFIIQFQFHEALC 1067 coelacanth

NP_001161204 1050 PFGYLMDQWRWKVFDGRIKEDEYNQQWWNLRLKYQGLCPPVPRSEDDFDPGAKFHIPANVPYIRYFVSFVIQFQFHQALC 1129 chicken

XP_012403926 1067 PFGYLIDQWRWRVFDGSINKKDYNQEWWSLRLKYQGLCPPVPRTQEDFDPGAKFHIPANVPYLRYFVSFVIQFQFHEALC 1146 Tasmanian devil

query         531 QAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNMNVRPLLNYFEPLFTWLKDQN.[1].NSFVGW 606

1O8A_A        503 QAAGHTGPLHKCDIYQSKEAGQRLATAMKLGFSRPWPEAMQLITGQPNMSASAMLSYFKPLLDWLRTEN.[3].GEKLGW 580  human

NP_001161204  532 QAANHTGPLHTCDIYMSKEAGAKLREVLKAGSSKSWQEILFNLTGTDKMDAGALLEYFSPVTTWLQEQN.[3].NEVLGW 609  chicken

5_pfamImport  498 RAASHTGPLHKCDIYKSQKAGKLLSDAMKLGSSKPWPEAMQILTGQPNMSAAALMSYFKPLLDWLVTEN.[3].NEVLGW 575

XP_019921591 2307 EEAGQTGPLYQCDIYQSKAAGKKLGDMLKLGSSQPWQHAMEKLTGQRKMDVGPLIEYFSPLLEWLKVQN.[1].NESGGW 2382 Pacific oyster

XP_694336    1172 DAAGHKGPLHNCDIYQSKEAGKLLSDVMKMGFSKPWPEAMKIITGQPKMSVQPLMEYFKPLIEWLEKEN.[3].GDVLGW 1249 zebrafish

NP_001116882 1132 KAANQEGPLHKCDIYQSTQAGKLLGDAMKLGNSKPWPEAMQTITGQRNMSAHALLKYFQPLTDWLIKEN.[3].GETLGW 1209 tropical clawed frog

XP_014345470 1068 KAAQQMGPLHKCDIYNSKAAGKLLGDALKLGFSKPWPEAMTLITGQPNMTAEALMKYFEPLTKWLIKQN.[3].RVTLGW 1145 coelacanth

NP_001161204 1130 KAAGHTGPLHTCDIYQSKEAGKLLGDAMKLGFSKPWPEAMQLITGQPNMSAEALMSYFEPLMTWLVKKN.[3].GEVLGW 1207 chicken

XP_012403926 1147 RAAGHTGPLHKCDIYQSKEAGKLLSDAMKLGLSKPWPEAMMLLTGQPNMSATAIVKYFQPLLDWLITKN.[3].EETLGW 1224 Tasmanian devil

...

Скачать:   txt (34.8 Kb)   pdf (280.9 Kb)   docx (257.9 Kb)  
Продолжить читать еще 15 страниц(ы) »
Доступно только на Essays.club