Белоктар
Автор: zhangul2000 • Апрель 28, 2020 • Реферат • 3,998 Слов (16 Страниц) • 336 Просмотры
Белоктар
(көрсетілмеген болса кез келген организм қолдансаңыз болады).
Әрқайсысы үшін қолданған дерек базасы (NCBI, Uniprot, PDB, т.б.) бойынша номерін (accession number) көрсетіңіз .
- ACE2 [Homo sapiens] Q9BYF1
- Beta catenin [mouse] Q02248
- Cobra venom protein [Homo sapiens] P01031
- BCL6 [Homo sapiens] P41182
Тапсырмалар:
- Барлық табылған сиквенстік/құрылымдық мотивтер үшін аминқышқылдық құрамын талдаңыз (не себепті дәл осы аминқышқылдар осы мотив құрамында тұр, мотивтің функциясын анықтауға осы аминқышқылдардың қасиеттері қалай қатысты болуы мүмкін).
- BCL6: мотивтері үшін logo құрастырыңыз.
Қандай құралдарды, қай дерек базаларын қолдансаңыз да болады, тек қай ақпаратты қай жерден алғанын көрсетіп отыру керек.
- NCBI CDD: домендер, функционалдық сайттар мен мотивтер тауып, көрсетіп, сипаттаңыз. Аймақтардың сиквенстерін көрсетуді ұмытпаңыз.
cluzinsin superfamily
1 Глуцинцин тұқымдастығы (термолизин-ұқсас пептидаза немесе TLPs) M1, M2, M3, M4, M13, M32, M36 пептидаза (MEROPS жіктеу) сияқты бірнеше мырыш тәуелді металлпептидазды қамтиды, олардың белсенді сайт бөлігі ретінде HEXXH мотиві бар. Осы отбасының пептидазалары бір мырыш каталитикалық ионы байланыстырады, ол тетраэдрикалық үш амин қышқыл лигандарымен және катализ кезінде активтендіру кезінде нуклеофил түзетін су молекуласымен үйлестіріледі. Отбасы M1 қамтиды аминопептидазу N (APN) және лейкотриен-гидролазу A4 (LTA4H). АПН негізінен олигопептидтердің N-шеткі бөлігінен бейтарап амин қышқылдарын ыдыратады және адам жасушаларының әртүрлі тіндері мен түрлерінде болады. LTA4H-бұл аминопептидазаға, сондай-ақ эпоксигидролазды белсенділікке ие бифункционалды фермент, сондықтан бұл екі белсенділік әртүрлі, бірақ жабылатын учаскелерді алады. M3_like пептидазалары m2_ace, M3 немесе neurolysin-ұқсас отбасы (M3B_PepF және M3A отбасылық) және M32_Taq пептидазалары. Ангидридаза м2 ангиотензин айналатын фермент (АПФ, ЕС 3.4.15.1) декапептиді ангидиотензин I-нің қуатты вазопрессор октапептиді ангидиотензин II-ге айналуын катализациялайды. АПФ артериялық қысымды реттейтін ренин-ангиотензин жүйесінің негізгі компоненті болып табылады, сондықтан АПФ тежегіштері артериялық гипертензияны емдеу үшін маңызды. M3A тимет-олигопептидаза (TOP; эндопептидаза 3.4.24.15), нейролизин (3.4.24.16) және митохондриялық аралық пептидаз; ал M3B олигопептидаз F қамтиды. М32 отбасы қарапайым Trypanosoma cruzi эукариотикалық ферменттерді қамтиды, Шагас ауруы қоздырғышы, және Leishmania major, лейшманиоз тудыратын паразиттер, бұл ферменттерді дәрі-дәрмек әзірлеу үшін тартымды нысаналар етеді. М4 тұқымдасына секретирленген протеазды термолизин (ЭК 3.4.24.27), псевдолиз, ауреолизин және бейтарап протеаз, сондай-ақ бациллолизин (ЭК 3.4.24.28) кіреді, олар жасушадан тыс ақуыздар мен бактериялық тамақтану үшін пептидтер, әсіресе спора түзілгенге дейін бұзады. Термолизин пептидтердің секвенирленуі үшін фрагменттерді алу үшін спецификалық емес протеаз ретінде, сондай-ақ аспартаменттің жасанды тәттілегішін өндіруде кеңінен қолданылады. М13 отбасы субстраттық ерекшелікке мүмкіндік беретін S2 қосалқы түрінің үлкен вариабельділігіне байланысты физиологиялық рөлдердің кең спектрін орындайтын непри-лизин (ЕС 3.4.24.11) және эндотелин-түрлендіргіш ферментті I (ЕСЕ-1, ЕС 3.4.24.71) қамтиды және селективті тежеу үшін негізгі терапевтік нысана болып табылады. Пептидаза М36 fungalysin отбасы фитопатогенді саңырауқұлақтар эндопептидазаларды қамтиды. Фунгалисин эластин және кератин сияқты жасушадан тыс матрикс ақуыздарын гидролиздейді. Aspergillus fumigatus Aspergillus иммунитеті әлсіреген жеңіл жануарларға басып, ақуыз құрылымдық кедергілерін бұзуы мүмкін фунгалисинді бөліп шығарады.
peptidase_M2 показать сиквенсы
query 19 STIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQM YP LQEI 88 1O8A_A 2 VTDEAEASKFVEEYDRTSQVVWNEYAEANWNYNTNITTETSKILLQKNMQIANHTLKYGTQARK FD VNQL 71 human NP_001161204 28 DPTEAGAVFFASEYNSTAEIVLFRSVSASWEYNTNLTTANAALQVEASLEEQNFTELWGKKAKE.[1].YG.[2].WSNF 100 chicken 5_pfamImport 1 VSDEVEAQKFLEEFDRTAQLAWYENTEASWAYNTNITEHNRQIMLDKSLQVSQHTLDFGKKARQ FD DTDF 70 XP_019921591 1801 SDGDQQAKMWLNEYNNLAQTKFYEESEVEWTYATNITDENEKKLVTARLELANFEKEAARNASQ.[2].HH YNMS 1872 Pacific oyster XP_694336 671 ITDEMQAKQFLDEYNSTAEEVWNAYTESSWTYNTDITEAHKDNMLQKNLEMANHTKIYGLEARK YD TSDF 740 zebrafish NP_001116882 631 IANEKEADTFLSDYTKSAEVVWNDYTEASWAYNTNITEANKQVMLDKNLAMSGHTLQYGLQARN YD YSDF 700 tropical clawed frog XP_014345470 567 IVDEAQAKDFLAEYERTAEKVWNAYTEAAWVYESNITEHNRQIMLQKELEMSNHTLEYGTRARK FD YTDF 636 coelacanth NP_001161204 629 IVDEAQAKEFLSEYNSTAEVVWNAYTEASWEYNTNITDHNKEVMLEKNLAMSKHTIEYGMRARQ FD PSDF 698 chicken XP_012403926 646 LTDEAEAEKFLEEYDRLGQGIMNAYVEASWAYNTNITEENSKIMLEKNLELSSFTLQYGTRARQ FD VSSF 715 Tasmanian devil |
query 89 Q NLTVKLQLQ.[1].LQQNGSSVLSED KSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCN.[4].QE.[4].EPGLNEIM 152 1O8A_A 72 Q NTTIKRIIK.[1].VQDLERAALPAQ ELEEYNKILLDMETTYSVATVCH.[2].GS.[4].EPDLTNVM 133 human NP_001161204 101 S DPQLKKIIG.[1].IQTLGPSNLPLD KRQQYNTILSDMDKIYSTAKVCL.[2].GT.[4].EPDISDIM 162 chicken 5_pfamImport 71 K NSSVKRTLK.[1].LQDLGRAALPQN ELKEVTGVRRGEEEGPGRGEAAW.[2].GK NPDLTELM 128 XP_019921591 1873 R.[1].TESGRRLFG ISNIGTSALKNQ.[1].VLQKLNTLQSEIEGIYGKAKFCP.[3].ST.[4].EPDLYRIM 1936 Pacific oyster XP_694336 741 Q DESVKRILS.[1].LSDLERAALSAE DLVEYNNLLASMETLYSVATVCK.[2].SN.[4].DPDLNKIM 802 zebrafish NP_001116882 701 Q DPETQRILR.[1].LSEIDKAALSEE EQKEYNQITSDMETIYSVAKVCK.[3].TN.[4].DPDLTEIL 763 tropical clawed frog XP_014345470 637 L DDNKTYILE.[1].LSDIGMAALPEN ELKEYNNILSQMETTYSVAKACQ.[2].GK.[4].DPDLTEIM 698 coelacanth NP_001161204 699 Q DETVTRILN.[1].LSVLERAALPED ELKEYNTLLSDMETTYSVAKVCR.[2].NT.[4].DPDLTDIL 760 chicken XP_012403926 716 Q KSSVTRLLG.[1].LQDLGRAALSPT ELDKYNKILLNMESAYSTAKVCR.[2].GS.[4].EPDLTELM 777 Tasmanian devil |
query 153 ANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARA NHYEDYGDYWRGDYEVN.[10].QLIEDVEHTFE 231 1O8A_A 134 ATSRKYEDLLWAWEGWRDKAGRAILQFYPKYVELINQAARL NGYVDAGDSWRSMYETP SLEQDLERLFQ 202 human NP_001161204 163 ATSRSYKKLLYAWEGWHNAAGNPLRAKYQEFVTLSNEAYQM DGFEDTGSYWRSWYDST TFEDDLEHLYN 231 chicken 5_pfamImport 129 ATSQNYEELLWAWQGWREAAGKPVRQKFERYVELSNKAARL NGHADNGVSWRAMYETP TFEQDLERLYQ 197 XP_019921591 1937 STSRNFTELQTIWKGWRDVSGKKMKEKYAEFVELSNQGIKE.[2].LGYKDTGDYWRVAYESE TFREDLEQLLE 2007 Pacific oyster XP_694336 803 AESRDYDELLFAWQGWRNASGREIRDSYKRYVELANSAAKS NGHTDNGAFWRSLYETP TFEQDLEALWK 871 zebrafish NP_001116882 764 AKSRDYDELLFAWKGWRDASGKQIREKYKRYVQLANKAAQL NGYNDNGAYWRSWYETP TLESDVEKLYD 832 tropical clawed frog XP_014345470 699 ASSRNYSELLFAWKGWRDASGKKICSDYERYVELSNKAARL NGYSDNGACWRSFYGSP TFEADLEKIYE 767 coelacanth NP_001161204 761 ATSRDYNELLFAWKGWRDASGAKIKDKYKRYVELSNKAAVL NGYTDNGAYWRSLYETP TFEEDLERLYL 829 chicken XP_012403926 778 ASSQDYDNLLWAWKGWRDKAGRAILPHFSEYVELSNKAAQL NGYADSGASWRAQYEKP SLEQDLEKIYL 846 Tasmanian devil |
query 232 EIKPLYEHLHAYVRAKLMNAY.[1].SYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRI 307 1O8A_A 203 ELQPLYLNLHAYVRRALHRHY.[2].QHINLEGPIPAHLLGNMWAQTWSNIYDLVVPFPSAPSMDTTEAMLKQGWTPRRM 279 human NP_001161204 232 QLEPLYLNLHAFVRRKLYDRY.[2].KYINLKGPIPAHLLGNMWAQQWNNIYDLMVPYPDKPNLDVTNTMVNQGWNATHM 308 chicken 5_pfamImport 198 ELQPLYLNLHAYVRRQLHRRY.[2].KFVNCAGPSPPTCSGNMWAQTWSNIYNLVVPFPSASQVDATPAMKNKNWNPKKM 274 XP_019921591 2008 KLKPLYQELHTYVRKKLRNLY.[2].KNFPNSGHIPAHLLGNMWAQEWQNIYDLLIPFKSKTNVDITPALKSNNYTALRM 2084 Pacific oyster XP_694336 872 DLEPLYLSVHAYVRRALYKKY.[2].ERINLKGPIPAHLLGNMWAQTWSGIMDLVNPYPDATQVDATPAMIAQGWTPKRM 948 zebrafish NP_001116882 833 ELQPLYLNLHAYVRRALYKKY.[2].KRINLKGPIPAHLLGNMWAQSWSNIYELLVPYPNAAQVDATPAMIAKNWTPKRM 909 tropical clawed frog XP_014345470 768 QLQPLYLNLHAYVRQALYKKY.[2].KYINLKGPIPAHLLGDMWAQSWLNIYSLLVPYPEATQVDATPAMVAQKWNAKRM 844 coelacanth NP_001161204 830 QLQPLYLNLHAYVRRALYNKY.[2].EHISLKGPIPAHLLGNMWAQSWSNIFDLVMPFPDATKVDATPAMKQQGWTPKMM 906 chicken XP_012403926 847 ELQPLYQNLHAYVRRALFRHY.[2].NHINLQGPIPAHLLGNMWAQTWSNIYKLMVPFPSASQVDATPAMKEQGWTVRRM 923 Tasmanian devil |
query 308 FKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDP.[1].N.[1].QKAVCHPTAWDL GKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHH 374 1O8A_A 280 FKEADDFFTSLGLLPVPPEFWNKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NGKDFRIKQCTTVNLEDLVVAHH 347 human NP_001161204 309 FRVSEEFFTSLGLLEMPPEFWEKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NRKDFRIKQCTTVTMEQLFTVHH 376 chicken 5_pfamImport 275 FEESDSFFKSLGLLPMPEEFWEKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NGKDFRIKQCTTVNMEDLITVHH 342 XP_019921591 2085 FRTAEEFFTSLGLKEMPQTFWDKSMIVKP E.[1].RDVVCHASAWDF.[1].NQRDFRIKMCTDVTMEDLITVHH 2151 Pacific oyster XP_694336 949 FEESDRFFTSLGLLPMPPEFWNKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NRKDFRIKQCTVVTMDDLITVHH 1016 zebrafish NP_001116882 910 FEESDNFFKSLGLLPMPQEFWDKSMIEKP.[1].D REVVCHASAWDF.[1].NRKDFRIKQCTVVNMDDLITVHH 976 tropical clawed frog XP_014345470 845 FEEADNFFTSLGLIPMPQEFWDKSMIEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NKKDFRIKQCTVINMDELITVHH 912 coelacanth NP_001161204 907 FEESDRFFTSLGLIPMPQEFWDKSMIEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NRKDFRIKQCTVVNMDDLITVHH 974 chicken XP_012403926 924 FEEADKFFQSLGLLPLPPEFWNKSMLEKP.[1].D.[1].REVVCHASAWDF.[1].NGKDFRIKQCTTVNMEDLIVIHH 991 Tasmanian devil |
query 375 EMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLL.[1].PDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTL 450 1O8A_A 348 EMGHIQYFMQYKDLPVALREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLHSLNLL SSEGGSDEHDINFLMKMALDKIAFI 422 human NP_001161204 377 EMGHVQYYLQYKDQPVSFRGGANPGFHEAIGDVLSLSVSTPSHLQKIGLL SSAVEDEESNINYLLKMALEKIAFL 451 chicken 5_pfamImport 343 EMGHVQYYLQYKEQPVVFREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPRHLHSIGLL DNEGEGYESEINYLMSMALDKIAFL 417 XP_019921591 2152 EMGHIQYYLQYKDQPLIYRGGANPGFHEAIGDTMALSASTPQHLHKIGLL TNIENDEETDLNYLMKMALEKIAFL 2226 Pacific oyster XP_694336 1017 EMGHVQYFLQYKDQPISFRDGANPGFHEAIGDVLALSVATPKHLQSIGLL DKVEDNAESTINFLMSIALDKIAFL 1091 zebrafish NP_001116882 977 EMGHVQYFLQYKDQPILFREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLQSIGLL DKVEDNPESDINYLMSIALDKIAFL 1051 tropical clawed frog XP_014345470 913 EMGHIQYYLQYKDHPISFRDGANPGFHEAIGDVIALSVSTPKHLHSIGLL DEVSENDESDINYLMSVALDKIVFL 987 coelacanth NP_001161204 975 EMGHVQYFLQYMDQPISFRDGANPGFHEAIGDVMALSVSTPKHLHSINLL DQVTENEESDINYLMSIALDKIAFL 1049 chicken XP_012403926 992 EMGHVQYFMQYKDQPIAFREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLHSIGLL DNEGEGYESEINYLMSVALDKIAFI 1066 Tasmanian devil |
query 451 PFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALC 530 1O8A_A 423 PFSYLVDQWRWRVFDGSITKENYNQEWWSLRLKYQGLCPPVPRTQGDFDPGAKFHIPSSVPYIRYFVSFIIQFQFHEALC 502 human NP_001161204 452 PFGYLIDQWRWNVFSGRTPPSRYNYDWWYLRTKYQGICAPVSRNESNFDPGAKYHIPGNTPYIRYFVSFILQFQFHKALC 531 chicken 5_pfamImport 418 PFGYLMDQWRWKVFDGRITKENYNQEWWNLRLKYQGLCPPVIRSQTDFDPGAKFHIPANVPYIRYFVSFVIQFQFHEALC 497 XP_019921591 2227 PFGYLIDQWRWSVFSGETSPDNYNEKWWALRCKYQGISPAVTRTEEDFDPGAKYHIPSNTPYIRYFVSFVIQFQFHKALC 2306 Pacific oyster XP_694336 1092 PFGYLMDQWRWKVFDGRISSSEYNKEWWNLRMKYQGLCPPVPRTEKDFDPGAKFHIPANVPYIRYFVSFVIQFQFHKGLC 1171 zebrafish NP_001116882 1052 PFGFLMDQWRWKVFDGRTPDSEYNQQWWNLRLKYQGLVPPVLRTENDFDPGAKFHIPASVPYIRYFISFVIQFQFHEALC 1131 tropical clawed frog XP_014345470 988 PFGYLMDQWRWKVFNGWISKEDYNREWWNLRLKYQGLCPPVPRTEDDFDPGAKYHIAANVPYVRYFVSFIIQFQFHEALC 1067 coelacanth NP_001161204 1050 PFGYLMDQWRWKVFDGRIKEDEYNQQWWNLRLKYQGLCPPVPRSEDDFDPGAKFHIPANVPYIRYFVSFVIQFQFHQALC 1129 chicken XP_012403926 1067 PFGYLIDQWRWRVFDGSINKKDYNQEWWSLRLKYQGLCPPVPRTQEDFDPGAKFHIPANVPYLRYFVSFVIQFQFHEALC 1146 Tasmanian devil |
query 531 QAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNMNVRPLLNYFEPLFTWLKDQN.[1].NSFVGW 606 1O8A_A 503 QAAGHTGPLHKCDIYQSKEAGQRLATAMKLGFSRPWPEAMQLITGQPNMSASAMLSYFKPLLDWLRTEN.[3].GEKLGW 580 human NP_001161204 532 QAANHTGPLHTCDIYMSKEAGAKLREVLKAGSSKSWQEILFNLTGTDKMDAGALLEYFSPVTTWLQEQN.[3].NEVLGW 609 chicken 5_pfamImport 498 RAASHTGPLHKCDIYKSQKAGKLLSDAMKLGSSKPWPEAMQILTGQPNMSAAALMSYFKPLLDWLVTEN.[3].NEVLGW 575 XP_019921591 2307 EEAGQTGPLYQCDIYQSKAAGKKLGDMLKLGSSQPWQHAMEKLTGQRKMDVGPLIEYFSPLLEWLKVQN.[1].NESGGW 2382 Pacific oyster XP_694336 1172 DAAGHKGPLHNCDIYQSKEAGKLLSDVMKMGFSKPWPEAMKIITGQPKMSVQPLMEYFKPLIEWLEKEN.[3].GDVLGW 1249 zebrafish NP_001116882 1132 KAANQEGPLHKCDIYQSTQAGKLLGDAMKLGNSKPWPEAMQTITGQRNMSAHALLKYFQPLTDWLIKEN.[3].GETLGW 1209 tropical clawed frog XP_014345470 1068 KAAQQMGPLHKCDIYNSKAAGKLLGDALKLGFSKPWPEAMTLITGQPNMTAEALMKYFEPLTKWLIKQN.[3].RVTLGW 1145 coelacanth NP_001161204 1130 KAAGHTGPLHTCDIYQSKEAGKLLGDAMKLGFSKPWPEAMQLITGQPNMSAEALMSYFEPLMTWLVKKN.[3].GEVLGW 1207 chicken XP_012403926 1147 RAAGHTGPLHKCDIYQSKEAGKLLSDAMKLGLSKPWPEAMMLLTGQPNMSATAIVKYFQPLLDWLITKN.[3].EETLGW 1224 Tasmanian devil |
...