Сальмонели

ЗМІСТ

ВСТУП

Серновари сальмонел є переважно патогенними ентеробактеріями, які, як вважається, розходяться із загальним предком з Escherichia coli приблизно 100 мільйонів років тому [1]. Рід Salmonella в даний час включає два види; S. bongori і S. enterica, де S. enterica складається з 6 підвидів enterica, salamae, arizonae, diarizonae, houtenae і indica [2], [3], [4], [5], [6], Ці підвиди S . enterica поділяються на> 2500 сероварів. Незважаючи на те, що S. bongori, як повідомляється, заражає людей [7], [8], цей вид переважно асоціюється з холоднокровними тваринами, тоді як серовар, що викликають захворювання у людей і інших теплокровних тварин, в основному належать до S. enterica підвиду enterica. Оскільки S. enterica включає в себе клінічно важливі патогени, наші знання про рід Salmonella сильно упереджені, і існує значний дефіцит інформації, що стосується генетичного і філогенетичного складу S. bongori.

Хоча, за оцінками, кишкова паличка і сальмонела розійшлися мільйони років назад, їх геноми все ще демонструють значну схожість, включаючи великі області сінтеніі. Однак, як і у інших Enterobacteriaceae, значну різноманітність обумовлено горизонтальним переносом генів на тлі поступового дрейфу геномних послідовностей [9]. Багато з генів, які є унікальними для сероварів сальмонел, в порівнянні з E. coli, виявлені на великих дискретних геномних островах, які включають елементи профага і спеціалізовані локалізовані острова патогенності сальмонел (SPI) [10], [11], [12], ці Salmonella- специфічні функції включають в себе безліч генів, необхідних для повної експресії вірулентності, і деякі з них були придбані S. enterica після відділення від S. bongori. Наприклад, S. enterica кодує дві повні системи секреції типу III, які кодуються SPI-1 (T3SS-1) і SPI-2 (T3SS-2) [13], [14], [15], [16], тоді як S У. bongori відсутня SPI-2, який необхідний для оптимальної реплікації в макрофагах [15], [17], [18].

Деякі характеристики S. bongori дозволяють припустити, що в еволюційному плані цей вид може перебувати десь між E. coli і S. enterica. Отже, щоб довести цю гіпотезу, ми вивчили безліч генотипических і фенотипічних характеристик S. bongori і порівняли їх з S. enterica і іншими Enterobacteriaceae. З точки зору генотипу ми визначили послідовність еталонної якості S. bongori 12419, спочатку виділену з африканської жаби в 1972 р (Salmonella Reference Collection C штам SARC11), і підготували чорнові послідовності різноманітного в глобальному і часовому відношенні S. bongori.Коллекція, що включає 21 представника з 23 відомих сероварів (СВ). На підставі наших даних ми змогли визначити межвидовую і внутрішньовидову філогенію і використовували її для диференціації спадкових і недавно придбаних вірулентних і метаболічних функцій. Ці дані показують, що S. bongori володіє тільки базовим набором спадкових функцій вірулентності сальмонел і не має кількох метаболічних шляхів, що визначають S. enterica. Проте, S. bongori не залишився функціонально статичним; він придбав репертуар з 12 кандидатів в ефекторні білки T3SS, 10 з яких не виявлені у інших сальмонел, але значно схожі з відомими ефекторами, виявленими в ентеропатогенної кишкової палички. (EPEC) штами. Тут ми демонструємо, що представники цих ефекторів транслоцироваться і що, по крайней мере, один з цих ефекторів, зовнішній білок S. bongori H (SboH), функціонально пов'язаний з ефектором EPEC, що не кодуються LEE, NleH1.

Розділ І

Сальмонели (лат. Salmonella) - рід спороносних бактерій, що мають форму паличок (довжина 1-7 мкм, ширина близько 0,3-0,7 мкм) [2]. Рід названий на честь американського ветеринара Даніела Елмера Салмона (1850-1914) [2] [3]. Сальмонели, як правило, не ферментують лактозу і патогенні для людей і інших тварин при пероральному введенні. Деякі види є збудниками черевного тифу, паратифів та інших сальмонельозів [2].

Рід сальмонела відноситься до сімейства Enterobacteriaceae. Бактерії переважно рухливі. У всьому світі сальмонела є одним з найбільш поширених збудників харчових отруєнь, що інфікують більшість видів сирих продуктів (наприклад, м'ясо, яйця, рослинні продукти). Стійкість бактерій до висушування в поєднанні з їх високою термостійкістю створює проблему захисту від патогена більшості сухих і напівсухих продуктів.